朱巴机场是南苏丹国内最繁忙及设施最完善的机场，可以起降200座以下的飞机，并且有多条固定国际航线连接坎帕拉、内罗毕、开罗、亚的斯亚贝巴及喀土穆。其它地方机场的跑道仍以泥地为主。分散在各州重要城市的小型机场有12个。去往境内各州一般需经朱巴转机。