圣多美设有港口和机场，有通往利伯维尔、罗安达、里斯本、安特卫普等港口的海上航线，主要由葡萄牙和荷兰船运公司经营。葡萄牙、安哥拉、加蓬、南非和尼日利亚等国航空公司均有飞往圣多美的航班。北京有经葡萄牙和埃塞俄比亚转机前往圣多美的航班。