嵊泗列岛上有李柱山、小菜园两个码头：李柱山码头用于运输外县旅客的轮船航运，小菜园码头用于县内岛屿的轮船航运。上海南浦大桥旅游集散中心有发往芦潮港和小洋山港到嵊泗的车、船联票，船抵达嵊泗李柱山码头。宁波镇海客运中心也有发往嵊泗列岛的轮船。定海三江码头也有发往嵊泗列岛的轮船。小菜园码头一般发开往嵊山、枸杞岛的船，途经嵊山岛、花鸟岛、东西绿华岛等。